Sau khi Hitler tự sát, Traudl Junge cùng một nhóm khoảng 20 người do Lữ đoàn trưởng SS Wilhelm Mohnke dẫn đầu rời khỏi Führerbunker vào đêm ngày 1 tháng 5. Cùng với đồng nghiệp Gerda Christian, thư ký của Martin Bormann là Else Krüger và Constanze Manziarly, Mohnke đã ủy quyền cho cô tiếp tục mặc đồ dân sự và kèm theo báo cáo cuối cùng của Mohnke về người kế nhiệm Hitler - Karl Dönitz bàn giao. Đêm hôm sau, Traudl Junge bị tách khỏi những người đồng hành và rời Berlin chạy trốn khắp đất nước tới khu vực đang do quân Anh chiếm đóng. Tin tức về Sự đầu hàng vô điều kiện của Wehrmacht đã không đến được với họ, và cô cùng những người tị nạn khác đến Wittenberge nhưng không thể vượt sông Elbe để đến được khu vực chiếm đóng của người Mỹ. Đầu tháng 6, Traudl Junge quay trở lại Berlin, trong khi Chính phủ Dönitz ở Sonderbereich Mürwik bị bắt giữ. Tại Berlin, cô sống với một người bạn dưới bút danh Gerda Alt cho đến khi bị Liên Xô bắt giữ ngày 9 tháng 6. Cô được Đồng Minh xếp vào loại Mitläufer là những người ít dính líu cũng vì tuổi còn trẻ và do đó không bị trừng phạt.